Nhà kinh tế học thể chế John R. Commons đưa ra ý tưởng cho rằng các giao dịch là nền tảng của tư duy kinh tế (1931). Ông cho rằng:

Những hành động riêng lẻ này thực sự là hành động chuyển đổi thay vì được xem là hành vi cá nhân hoặc "trao đổi" hàng hóa. Chính sự chuyển đổi từ hàng hóa và cá nhân trong giao dịch và các quy tắc làm việc của hành động tập thể đã đánh dấu sự chuyển đổi từ các trường phái cổ điển và khoái lạc sang các trường phái thể chế của tư duy kinh tế. Bước chuyển này là một sự thay đổi trong đơn vị cuối cùng của cuộc điều tra kinh tế. Các nhà kinh tế học theo chủ nghĩa khoái lạc và chủ nghĩa cổ điển, với xuất phát điểm từ chủ nghĩa cộng sản và chủ nghĩa vô chính phủ, đã xây dựng lý thuyết của họ về mối quan hệ của con người với tự nhiên, nhưng chủ nghĩa thể chế lại là mối quan hệ của con người với con người. Đơn vị nhỏ nhất của các nhà kinh tế học cổ điển là hàng hóa do lao động sản xuất ra. Đơn vị nhỏ nhất của các nhà kinh tế học theo chủ nghĩa khoái lạc là hàng hóa giống nhau hoặc tương tự được những người tiêu dùng cuối cùng yêu thích. Một là mặt khách quan, mặt kia là mặt chủ quan, của cùng mối quan hệ giữa cá nhân và các lực lượng của tự nhiên. Kết quả, trong cả hai trường hợp, đều là phép ẩn dụ duy vật về trạng thái cân bằng tự động, tương tự như sóng biển, nhưng được nhân hóa là "tìm kiếm mức độ của chúng". Nhưng đơn vị nhỏ nhất của các nhà kinh tế thể chế là một đơn vị hoạt động - một giao dịch, với những người tham gia trong giao dịch. Các giao dịch can thiệp vào giữa lao động của các nhà kinh tế học cổ điển và thú vui của các nhà kinh tế học khoái lạc, đơn giản bởi vì chính xã hội kiểm soát việc tiếp cận với các lực lượng của tự nhiên, và giao dịch, không phải là "trao đổi hàng hóa", mà là sự chuyển nhượng và mua lại, giữa các cá nhân, về quyền tài sản và quyền tự do do xã hội tạo ra, do đó phải được thương lượng giữa các bên liên quan trước khi lao động có thể sản xuất, người tiêu dùng có thể tiêu dùng hoặc hàng hóa được trao đổi vật chất".

— John R. Commons, trích Kinh tế học thể chế, Tạp chí Kinh tế Hoa Kỳ, Tập 21, tr.648-657, 1931

Thuật ngữ "chi phí giao dịch" thường được cho là do Ronald Coase đặt ra. Ông là người đã sử dụng nó để phát triển một khuôn khổ lý thuyết để dự đoán khi nào các nhiệm vụ kinh tế nhất định sẽ được thực hiện bởi các doanh nghiệp và khi nào chúng sẽ được thực hiện trên thị trường. Tuy nhiên, mãi đến những năm 1970 thì thuật ngữ này mới xuất hiện trong những nghiên cứu đầu tiên của ông. Mặc dù Coase không đề cập đến thuật ngữ cụ thể nào, nhưng ông thực sự đã thảo luận về "chi phí của việc sử dụng cơ chế giá" trong bài báo “Bản chất của doanh nghiệp” năm 1937. Tại đó, ông lần đầu tiên thảo luận về khái niệm chi phí giao dịch. Đây là lần đầu tiên khái niệm chi phí giao dịch được đưa vào nghiên cứu doanh nghiệp và tổ chức thị trường, nhưng mãi đến giai đoạn cuối những năm 1960 và đầu những năm 1970 thì đây mới được xem như một lý thuyết chính thức.[7] Thuật ngữ "Chi phí giao dịch" có thể được bắt nguồn từ các tài liệu kinh tế học tiền tệ của những năm 1950, và dường như không được "đặt ra" một cách có ý thức bởi bất kỳ cá nhân cụ thể nào.[8]

Có thể cho rằng, lý luận về chi phí giao dịch được biết đến rộng rãi nhất thông qua cuốn Kinh tế học về chi phí giao dịch của Oliver E. Williamson. Ngày nay, kinh tế học chi phí giao dịch được sử dụng để giải thích một số hành vi khác nhau. Thông thường, điều này liên quan đến việc coi là "giao dịch" không chỉ trong các trường hợp mua và bán rõ ràng, mà còn là các tương tác cảm xúc hàng ngày, trao đổi quà tặng thân mật. Oliver E. Williamson là nhà khoa học xã hội có nhiều công trình được trích dẫn nhiều nhất trong suốt thế kỷ,[9] đã được trao Giải Nobel Kinh tế vào năm 2009.[10]

Ít nhất hai định nghĩa của cụm từ "chi phí giao dịch" được sử dụng phổ biến trong tài liệu. Theo Steven N. S. Cheung, chi phí giao dịch là bất kỳ chi phí nào không thể hình dung được trong "nền kinh tế Robinson Crusoe" - nói cách khác, là bất kỳ chi phí nào phát sinh do sự tồn tại của các thể chế. Đối với Cheung, nếu thuật ngữ "chi phí giao dịch" không quá phổ biến trong các tài liệu kinh tế học, thì chúng đáng ra nên được gọi là "chi phí thể chế".[11][12] Nhưng nhiều nhà kinh tế dường như hạn chế sử dụng định nghĩa này nhằm loại trừ chi phí nội bộ của tổ chức.[13] Một định nghĩa khác song song với phân tích ban đầu của Coase về "chi phí của cơ chế giá" và nguồn gốc của thuật ngữ này là "phí giao dịch thị trường".

Vốn bắt đầu như một định nghĩa rộng, nhiều nhà kinh tế sau đó đã nghiên cứu từng loại thể chế (công ty, thị trường, nhượng quyền thương mại, v.v.), xem liệu thể chế nào thì giảm thiểu chi phí giao dịch của việc sản xuất và phân phối một hàng hóa hoặc dịch vụ cụ thể. Thường thì những mối quan hệ này được phân loại theo loại hợp đồng có liên quan. Cách tiếp cận này đôi khi nằm dưới tiêu chuẩn của kinh tế học thể chế hiện đại. Các công nghệ liên quan đến cuộc cách mạng công nghiệp lần thứ tư như công nghệ sổ cái phân tán (DLT) và blockchain có khả năng giảm chi phí giao dịch so với các hình thức hợp đồng truyền thống.